scRNA分析在最近几年发展迅速，对于其分析流程也比较成熟了。现在主流的scRNA分析主要有两种。一种是10×分析流程，一种的Smart-seq分析流程。在此我整理了一套scRNA的分析流程供大家讨论。

其实现在RNA seq的处理方法已经很成熟了，同时版本也很多。在这里我结合Sun lab流程，整理了一种ktrim+STAR+featureCount的方法供大家讨论。希望可以对大家有些许帮助。

什么是DNA甲基化

DNA甲基化是一种重要的表观遗传调控因子。在哺乳动物基因组中，最普遍且重要的DNA甲基化类型是5-甲基胞嘧啶(5mC)。该类型会在DNA甲基转移酶（DNMT）的作用下，将S-腺苷甲硫氨酸（S-adenyl methionine）的甲基基团转移到胞嘧啶的第五个碳原子上，从而形成5-甲基胞嘧啶（5mC）[1,2]。这种现象主要发生在CpG二核苷酸位点上，即一个胞嘧啶（C）核苷酸与一个鸟嘌呤（G）核苷酸相邻的位置。